SMP Muhammadiyah 6 menyiapkan kurikulum dengan memadukan:
Kurikulum Diknas, Kemenag yang dilengkapi dengan pendekatan dan visi yang sesuai dengan visi dan misi Sekolah.
Kurikulum khas yang memadukan antara kurikulum Muhammadiyah dengan kurikulum pesantren, dimana dengan durasi waktu mulai 06.30 – 15.00 siswa siswi betul-betul terkondisikan dengan lingkungan sekolah yang islami.